Klub powstał w 1945 roku pod nazwą Kolejarz Piła i działał pod opieką PKP. W sezonach 1951 i 1952 drużyna występowała w Klasie A, która była III poziomem rozgrywek piłkarskich w Polsce. W sezonie 1954/1955 zespół po raz pierwszy zagrał w centralnych rozgrywkach Pucharu Polski, gdzie odpadł po I rundzie. W 1957 roku klub przyjął nazwę Międzyzakładowy Klub Sportowy Polonia Piła, a w sezonie 1958 wystąpił ponownie w III lidze. Przez sześć sezonów, od 1977/1978 do 1982/1983, drużyna występowała w rozgrywkach III ligi, a 3. miejsce było najlepszym jakie zespół zajął. W sezonie 1977/1978 Polonia Piła doszła do 1/32 finału Pucharu Polski, gdzie przed kilkoma tysiącami widzów przegrała u siebie z GKS Tychy 0:1. Ostatni raz Trójkolorowi zagrali w Pucharze Polski w sezonie 1981/1982, gdzie odpadli już po I rundzie. W 1990 roku Polonia dokonała fuzji z Zakładowym Klubem Sportowym Polam Piła i pod nazwą Polonia/Polam wystąpiła w III lidze w sezonie 1990/1991, następnie wracając do oryginalnej nazwy. W sezonie 1992/1993 pilanie ponownie grali w III lidze, jednak drużyna spadła z rozgrywek, był to też jej ostatni występ na poziomie centralnym. W połowie lat 90. XX wieku klub został zlikwidowany.
10 kwietnia 2008 roku wskutek fuzji klubów: TP Piła, Lotnika Piła i Orła Piła powstało Towarzystwo Piłkarskie Polonia Piła, które kontynuowało historię Międzyzakładowego Klubu Sportowego Polonia Piła. Po rundzie jesiennej sezonu 2015/2016 zespół został wycofany z rozgrywek, a w 2016 roku klub został rozwiązany. W tym samym roku powstał Klub Piłkarski Piła, który zajął miejsce Polonii na piłkarskiej mapie Piły.
Historyczne nazwy
• 1945 – „Kolejarz” Piła
• 1957 – Międzyzakładowy Klub Sportowy „Polonia” Piła
• 1990 – „Polonia/Polam” Piła (fuzja Polonii i Polamu Piła)
• 1991 – Międzyzakładowy Klub Sportowy „Polonia” Piła
• 2008 – Towarzystwo Piłkarskie „Polonia” Piła
Source: Polonia Piła (piłka nożna) — CC BY-SA 4.0, 2026-11-03